לאט ובבטחה נכנסת שפיר לתחום המרכזים המסחריים אותם היא בונה ומתפעלת תחת המותג שפיר סנטר. שלושה מרכזים מסחריים מנוהלים תחת שפיר-בגבעת שמואל, ראש העין ושכונת בצוותא בחריש.
המרכז המסחרי בגבעת שמואל פעיל כבר מספר שנים, לפני כחודשיים החל לפעול מרכז שפיר ראש העין בתוך קומפלקס של 4 מגדלי מגורים אותם בנתה שפיר. מרכז מסחרי חריש נמצא בשלבים אחרונים של בנייה כאשר חלק מהשטחים הציבוריים כבר מכורים והוא יחל לפעול לפני סוף השנה.
מרכז מסחרי נוסף נמצא בתכנון כחלק מקומפלקס העסקים המתוכנן בנס ציונה אשר יכלול בין היתר דיור מוגן ובנייני משרדים.
המרכזים מעוצבים באופן מודרני, מואר ומאוורר וכוללים מגוון שטחי מסחר.